Theo Nghị định, Bộ GTVT là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về GTVT đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải, hàng không trong phạm vi cả nước; quản lý nhà nước các dịch vụ công theo quy định của pháp luật.
Bộ GTVT thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Nghị định số 36/2012/NĐ-CP ngày 18/4/2012 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ, cơ quan ngang Bộ và những nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể khác.
Về cơ cấu tổ chức, Bộ GTVT có 26 đơn vị, trong đó có 21 đơn vị là tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước gồm: Vụ Kế hoạch - Đầu tư; Vụ Tài chính; Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông; Vụ An toàn giao thông; Vụ Pháp chế; Vụ Vận tải; Vụ Khoa học - Công nghệ; Vụ Môi trường; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Quản lý doanh nghiệp; Vụ Tổ chức cán bộ; Thanh tra; Văn phòng; Tổng cục Đường bộ Việt Nam; Cục Hàng hải Việt Nam; Cục Hàng không Việt Nam; Cục Đường sắt Việt Nam; Cục Đường thủy nội địa Việt Nam; Cục Đăng kiểm Việt Nam; Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông; Cục Y tế GTVT.
5 đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ gồm: Trung tâm Công nghệ thông tin; Viện Chiến lược và Phát triển GTVT; Trường Cán bộ quản lý GTVT; Báo GTVT và Tạp chí GTVT.
Nghị định cũng quy định rõ, Vụ Tổ chức cán bộ được tổ chức 3 phòng; Vụ Kế hoạch - Đầu tư được tổ chức 1 phòng; Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông có Chi cục đặt tại một số địa phương.
Bộ trưởng Bộ GTVT trình Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Đường bộ Việt Nam, ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp công lập khác còn lại trực thuộc Bộ. Đồng thời, Bộ trưởng quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc Bộ (trừ Tổng cục Đường bộ Việt Nam).
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/2/2013 và thay thế Nghị định số 51/2008/NĐ-CP ngày 22/4/2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ GTVT; bãi bỏ các quy định trước đây trái với Nghị định này.