Thông tư chính thức có hiệu lực áp dụng kể từ ngày 15/10/2013.
Việc tính phí phương tiện thủy nội địa theo quy định của Thông tư số 123/2013/TT-BTC đã loại bỏ hoàn toàn nguyên tắc tính phí dựa theo giá thành trước đây (như: thẩm định thiết kế, giám sát đóng mới, giám sát sửa chữa hoán cải...). Toàn bộ việc tính phí theo quy định mới sẽ được tính trên cơ sở các thông số kỹ thuật cơ bản của phương tiện, loại phương tiện, tuổi phương tiện và loại hình kiểm tra của phương tiện, trừ trường hợp tính phí theo thời gian thực tế kiểm tra (với mức phí là 200.000 đồng/giờ kiểm tra và mức thu tối thiểu của 1 lần kiểm tra là 200.000 đồng/lần kiểm tra).
Đối với phí kiểm tra phương tiện thủy nội địa đang khai thác, công thức tính phí giữ nguyên như trước đây và chỉ tăng giá của một đơn vị phí lên gấp đôi (A=2.800 đồng). Phí kiểm tra giám sát đóng mới phương tiện thủy nội địa sẽ được tính bằng 12 lần mức phí kiểm tra hàng năm của phương tiện đó; phí thẩm định thiết kế đóng mới được tính bằng 10% mức thu phí giám sát đóng mới phương tiện thủy nội địa.
Đối với phương tiện thủy nội địa hoán cải, nếu việc hoán cải làm thay đổi kích thước của phương tiện thì việc tính phí sẽ áp dụng theo công thức tính phí tương tự công thức phí giám sát đóng mới phương tiện thủy nội địa với thông số về kích thước của phương tiện là số chênh lệch của chiều dài thiết kế (L), chiều rộng thiết kế (B) và chiều cao thiết kế (D) sau và trước khi hoán cải. Đối với phương tiện thủy nội địa hoán cải, sửa chữa thay máy chính thì mức phí hoán cải được tính bằng 18% mức phí giám sát đóng mới của phương tiện đó. Các trường hợp hoán cải khác của phương tiện thủy nội địa, mức phí sẽ được áp dụng theo thời gian thực tế giám sát sửa chữa.