Theo Thông tư này, chủ đầu tư phải gửi hồ sơ đề nghị công bố cảng thủy nội địa qua đường bưu chính hoặc nộp trực tiếp tại Chi cục Đường thủy nội địa thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam (ĐTNĐVN) hoặc Sở Giao thông vận tải (GTVT) sau khi đã hoàn thành việc xây dựng cảng hoặc bến. Trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, Chi cục Đường thuỷ nội địa sẽ thẩm định hồ sơ, trình Cục Đường thuỷ nội địa. Cục ĐTNĐ hoặc Sở Giao thông vận tải sẽ ra quyết định công bố cảng thủy nội địa với những cảng đạt yêu cầu trong 5 ngày sau khi tiếp nhận hồ sơ. Với cảng có tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài, hồ sơ đề nghị của chủ đầu tư sau khi xem xét sẽ được Cục ĐTNĐ hoặc Sở GTVT trình Bộ GTVT. Chậm nhất 10 ngày sau, Bộ GTVT sẽ ra quyết định công bố cảng thủy nội địa cho những cảng đạt yêu cầu.
Theo quy định của Thông tư 25/2010/TT-BGTVT, Có 6 điều kiện hoạt động áp dụng cho bến khách ngang sông:
Bến khách ngang sông hoạt động phải đáp ứng các điều kiện như: Có địa hình, thủy văn ổn định bảo đảm cho phương tiện hoạt động an toàn, thuận lợi; có đường, cầu cho người, phương tiện giao thông đường bộ lên xuống an toàn, thuận tiện; có đủ trang thiết bị để phương tiện neo buộc chắc chắn, an toàn; có đèn chiếu sáng nếu hoạt động ban đêm; có nơi chờ cho hành khách, có bảng nội quy và bảng niêm yết giá vé... Đồng thời, những bến khách ngang sông này phải được cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy phép hoạt động bến khách ngang sông.
Thông tư đưa ra 3 trường hợp cảng, bến thủy nội địa bị đình chỉ hoạt động:
Cảng, bến thủy nội địa sẽ bị đình chỉ hoạt động trong 3 trường hợp: khi điều kiện về địa hình, thủy văn biến động không đảm bảo an toàn cho hoạt động của cảng, bến thủy, hay khi chủ cảng, bến chấm dứt hoạt động hoặc có yêu cầu đình chỉ hoạt động, giải tỏa của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Hai trường hợp sau sẽ bị đình chỉ hoạt động có thời hạn: Công trình cảng, bến thủy nội địa xuống cấp không đảm bảo điều kiện an toàn theo quy định; chủ cảng, bến không chấp hành các quy định về bảo đảm trật tự an toàn giao thông đường thủy nội địa.